Gerjen neve először a tihanyi apátság javainak 1211-es összeírásában szerepel:

1520-ban Gergyë n, majd Gergyen átkelő hely a Dunán. A település helye a mostanitól kicsit nyugatabbra volt. E tájon volt Vettle puszta, mely a gerjeni határhoz tartozott. Innen az emberek beköltöztek Gerjenbe, s a régi településüket pusztaként használták, s a temetkezési helyük is itt volt. (Még a múlt században is ide temették néhányan halottaikat.) Az 1690-es feljegyzések alapján a falut három oldalról mossa a Duna. 1720-ban 13 jobbágy és 5 zsellér családot írnak össze. Az 1728-as megyei népesség-összeírás 25 családot tüntet fel a faluban. Az Ófalut 1829-ben így jellemezték:

"...Egy kevéssé dombos a fekvése, az egész falut a víz környékezi. Két utcából áll, rendetlenül és sűrűn összeépítve..."

A csónak fontos közlekedési eszköz volt, mert így lehetett a legjobban megközelíteni. A házak alacsony, sárral tapasztott sövényfalúak voltak. Az ófalu-dombon - ami a vízből kivett földből épült - állott a török templom. A templomról 1752-ben azt mondták, hogy emberemlékezet óta ott állt. Teteje a Rákóczi korban pusztult el. Az Ófalu 1844-ben porrá égett. A házak olyan közel voltak, hogy ereszük összeért. A pusztulás után el kellett települnie a falunak. Ekkor jelölték ki a jelenlegi helyén az Ófalutól keletre lévő gyümölcsöskertben. A falu utcáit, tereit mérnöki pontossággal jelölték ki. Itt is vesszőfalú házakat építettek, majd tömörített falúakat. Bár a falut többször elöntötte az ár, de a védőtöltésen mindig menedéket találtak az emberek. Az 1893-as árvíz szintjét emléktábla őrzi a református templom keleti oldalán. A Duna a szabályozása következtében került egészen a falu határáig.