A napraforgót nagyon sok kórokozó támadhatja meg. A napraforgó peronoszpóra a 70-es évek jelentős betegsége volt. A peronoszpórával fertőzött napraforgó növény nem gyógyítható, ezért a megelőzés a legfontosabb. A védekezés lehetősége: ellenálló fajták termesztése, és a vetőmag metalaxil hatóanyagú szerrel való csávázása.

A napraforgórozsda megjelenik a leveleken, de jelentős kárt nem okoz.

Napjainkban a szárbetegséget okozó kórokozók kártétele nagymértékben jelentkezik. A Diaporthe helianthi kórokozó a legjelentősebb, amely napjainkban pusztító járványokat okoz. A fertőzött növényi maradványokon telel át, amelyek a talaj felszínén maradtak, és a megbetegedett tányérokból a kaszatok is fertőződnek. A fertőzések a napraforgó virágzását megelőzően kezdődnek, és először a levélen jelentkeznek. Innen a levélnyélen át a szárba hatol. Az első levéltünetek megjelenésétől a szárfoltok megjelenéséig az időjárástól függően 25–30 nap, a szárölelő foltok kialakulásáig 35–40 nap telik el.

A gombás fertőzés során egy mérgező anyag, toxin termelődik, amely a nedvkeringéssel terjed, és súlyos anyagcsere zavart okoz a növényben. A megtámadott levelek féloldalasan sárgulnak, bronzosodnak és lankadnak. A száron jellegzetes világosbarna folt keletkezik, amely terjed, szárölelő lesz, a folt sötétül, végül barnás-fekete lesz. A szár üregessé, törékennyé válik, a növény könnyen törik, eldől, elpusztul. A tányér is megbetegedhet, szövetei elkorhadnak. A kaszat is fertőződik, ezáltal az olaj minősége is romlik.

A napraforgó fómás betegsége először a levélen észlelhető, szabálytalan, erekkel határolt, szürkésfekete folt formájában. A levéllemez elszárad, a gomba a levélnyélen keresztül a szárba hatol. A száron megjelennek a fekete foltok. Ritkán a tányéron is megjelennek a tünetek. A kórokozó hazánkban fokozatosan terjed, és egyre nagyobb károkat okoz.

A makrofominás szártőkorhadás melegigényes, és a forró, száraz évjáratokban jelentős. A szár gyökérnyaki részén hamuszürke folt jelentkezik. A fertőzött növények kicsiny tányérokat növesztenek. A szár belsejében rengeteg mikroszklerócium képződik, amelyek segítségével telel át a kórokozó.

Az alternáriás betegség a leveleken, száron és a tányéron jelentkezik sötétbarna foltok formájában.

A fehérpenészes (szklerotíniás) betegség szinte minden kétszikű növényt képes megtámadni. Kemény, fekete szkleróciumokkal telel át, és innen fertőzi a gyökeret, szárat, leveleket, virágokat, a fiatal tányérokat. A víz és a tápanyagforgalom zavarásával a növény lankad, hervad, és kialakulnak a gomba új szkleróciumai. A spórák az eső és a szél útján terjednek. A tányéron esős, párás időben világosbarna lágyrothadásos tünetek jelennek meg.

A szürkepenészes rothadás szintén nagyon sok növényen okoz kárt. Fertőzött növényi maradványokon telel szkleróciumokkal, innen fertőzi a leveleket és a tányérokat. A napraforgó virágzása alatti tányérfertőzés okozza a tányérrothadást. A kaszatok is fertőződnek, amely során a csírázóképességük csökken, az olajtartalom mennyisége és minősége romlik.

Más kórokozók is jelentkeznek, mint pl. a hervadást okozó Verticillium fajok, a tányérkorhadást okozó Rizopus fajok, és az Erwinia nemzetségbe tartozó baktérium fajok, melyek fertőzése következtében a tányéron lágy rothadás jelentkezik.

Korábban a tányérbetegségek jelentették a fő veszélyt, de napjainkban a szárbetegségek fellépése és kártétele a súlyosabb. A vegyszeres állománypermetezéseket legalább két alkalommal el kell végezni: 6–8 leveles korban és a virágzáskor.

A korai állományvédelem: ezt a kezelést a napraforgó 6–8 pár leveles fejlettségénél célszerű végrehajtani szántóföldi permetezőgéppel, addig, amíg be lehet menni az állományba. Ez a korai permetezés a napraforgó védelme szempontjából meghatározó, mert ennek elmaradását vagy sikertelenségét később már nem lehet ellensúlyozni. A permetezést 400–500 l/ha lémennyiség felhasználásával kell elvégezni, így a felszívódó szerek a növénybe jobban be tudnak hatolni. Ha a levélen sikerül a fertőzést megállítani, akkor a szárbetegségek mérséklődnek, vagy ki sem alakulnak.

A virágzáskori védelmet helikopterrel vagy hidas traktorral kell végrehajtani a virágzás kezdetén. Ekkor a diaporte, valamint a szürke és fehérpenészes tányérbetegségek ellen védekezünk. A gombaölő szerekkel együtt levéltrágyát is kijuttathatunk, ez azért fontos, mert a virágzás kezdetén hirtelen megnövekszik a növény tápanyagigénye.

(A védekezésre felhasználható készítményeket a táblázat tartalmazza.)

Minden kezelésnél feltétlenül adjunk tapadást fokozó nedvesítőszert a szerhez, pl. Bio-Film, Nonit, Citovett.

A kezeléskor kártevők ellen is védekezhetünk, amennyiben szükséges. A levéltetvek és a mezei poloskák okozhatnak nagy károkat.

A következő készítményeket használhatjuk a kártevők ellen: Actara 25 WG, Aztec 140 EW, Calipso 480 EC, Chintop, Cyperil-S ULV, Danadim 40 EC, Decis 2,5 EC, Enduro 258 EC, Fyfanon EV, Judo, Karate 0,5 ULV, (2,5 EC, 2,5 WG), Mospilan 20 SP, Pirimor 25 WG, Zolone 35 EC